Perkhidmatan pengangkutan kereta api di Jepun disediakan oleh lebih daripada 100 syarikat swasta, termasuk

• Enam syarikat serantau Japan Railways Group (JR) (milik negara sehingga 1987) yang menyediakan perkhidmatan penumpang ke sebahagian besar Hokkaido, Honshu, Shikoku, dan Kyushu ;
• Syarikat pengangkutan barang JR di seluruh negara; dan
• 16 syarikat serantau utama yang menyediakan perkhidmatan kereta api sebagai sebahagian daripada operasi korporat mereka. Terdapat juga puluhan kereta api swasta tempatan yang lebih kecil.

Sebilangan besar syarikat kereta api swasta berada di antara syarikat teratas di negara ini. Kereta api dibina oleh syarikat swasta yang mengembangkan komuniti bersepadu di sepanjang landasan kereta api, memungkinkan mereka mencapai keuntungan dengan mempelbagaikan harta tanah, peruncitan, dan banyak perniagaan lain.[1] Pemerintah daerah, dan perusahaan yang dibiayai bersama oleh pemerintah daerah dan perusahaan swasta, juga menyediakan layanan kereta api.

Terdapat 30,625 km kereta api melintasi negara. JR (sekumpulan syarikat yang dibentuk setelah penswastaan JNR) menguasai 20,135 km dari laluan ini pada 31 Mac 1996, dengan baki 7,133 km di tangan syarikat keretapi tempatan syarikat swasta. Kereta api Jepun membawa 9.147 bilion penumpang (260 bilion penumpang-kilometer) pada tahun 2013-14.[2] Sebagai perbandingan, Jerman mempunyai lebih daripada 40,000 km kereta api, tetapi hanya membawa 2.2 bilion penumpang setiap tahun.[3] Kerana penggunaan sistem keretanya secara besar-besaran, Jepun menempatkan 46 daripada 50 stesen paling sibuk di dunia.[4]

Penggunaan utama adalah laluan bandar dan antara bandar, dan sekitar waktu penswastaan JNR, banyak saluran tempatan dan luar bandar yang tidak menguntungkan ditutup, terutama di Hokkaido dan Kyushu. Walau bagaimanapun, dengan perlindungan di jalan-jalan tempatan bukan bandar terus menurun disebabkan oleh faktor-faktor seperti peningkatan tahap pemilikan kereta dan penurunan jumlah penduduk di luar bandar, penutupan selanjutnya dirancang. Sebagai contoh, Pada 16 Oktober 2015, JR West mengumumkan bahawa mereka sedang mempertimbangkan untuk menutup 108 km Laluan Sanko kerana perlindungan yang lemah, dan sedang berbincang dengan dua wilayah yang dilayani oleh laluan tersebut, Shimane dan Hiroshima, serta kota-kota lain yang dilayani, mengenai rancangan masa depan.[5] Pada fiskal 2014, laluan itu membawa rata-rata 50 penumpang per km sehari, berbanding 458 per km per hari pada tahun 1987.[6] Seluruh laluan ditutup pada 31 Mac 2018.[7]

Pada 19 November 2016, Presiden JR Hokkaido mengumumkan rancangan untuk merasionalisasi rangkaiannya sehingga 1,237 km, atau ~50% dari rangkaian semasa,[8] termasuk penutupan bahagian selebihnya dari Laluan Utama Rumoi (bahagian Rumoi - Mashike ditutup pada 4 Disember 2016), bahagian Shin-Yubari - Yubari dari Laluan Sekisho, bahagian yang tidak elektrik dari Laluan Sassho dan Laluan Nemuro antara Furano dan Kami-Ochiai Junction. Jalur lain termasuk Laluan Utama Sekihoku, Laluan Utama Senmo, bahagian Nayoro - Wakkanai dari Laluan Soya dan bahagian Kushiro - Nemuro dari Laluan Nemuro dicadangkan untuk ditukar kepada operasi Sektor Ketiga, tetapi jika pemerintah tempatan tidak setuju, bahagian tersebut juga penutupan muka.

Fukuoka, Kobe, Kyoto, Nagoya, Osaka, Sapporo, Sendai, Tokyo dan Yokohama mempunyai sistem kereta api bawah tanah. Namun, tidak seperti Eropah, sebahagian besar lalu lintas penumpang berada di kereta api komuter pinggir bandar yang melintasi kawasan metropolitan. Di samping itu, banyak bandar mempunyai rangkaian trem dan monorel .

Jepun mempelopori shinkansen berkelajuan tinggi atau "kereta api peluru", yang kini menghubungkan bandar-bandar terbesar di Jepun dengan kelajuan hingga 320 km/j (200 bpj). Walau bagaimanapun, kereta api lain yang bergerak di lalaun konvensional atau "zairaisen" tetap perlahan, beroperasi terpantas pada 160 km/j dan kebanyakannya di bawah 130 km/j, kemungkinan besar disebabkan oleh penggunaan meluas trek sempit di mana mereka beroperasi.

Kereta api Jepun membawa 31 juta tan (21 bilion tan-kilometer) barang pada tahun 2013-14.[2] Bahagian kereta api dalam logistik nasional adalah sekecil 6.2% (2010), jauh paling rendah di G8.[9]